高中生侦探工藤新一在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后灌下神秘毒药，身体竟缩小成了小孩！为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一找到了经常帮助他的阿笠博士。博士不仅为他度身打造了不少间谍道具，还建议他隐瞒身份。一日，新一的青梅竹马毛利兰来到阿笠博士家寻找男友的下落。情急之下，新一化名为江户川柯南，随后寄住在了小兰家中。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一借此机会与他四处办案，暗中追查黑衣组织的下落，期盼有朝一日能恢复身体。此外，柯南在小学结识了步美等小伙伴，他们共同组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！谜团重重的黑衣组织，他所了解的，就只有他们是以酒的名称作为代号的。为了揭露那些家伙的真面目，小小侦探江户川柯南的活跃开始了！
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